藏历第六饶迥木牛年，公元1385年，克珠杰降生于乌斯藏江孜拉朵堆雄地方一个官吏家庭。父名贡噶扎西，母名普珍结姆。
幼年时，克珠杰从克珠僧格吉村受沙弥戒，得法名克珠杰·格勒贝桑(意译“善祥贤”)。后往昂仁、萨迦等寺为僧，从仁达哇学经，信奉萨迦教派，研究相宗。16岁在昂仁，与名师俄洞班钦展开辩论，名噪一时，复从极尊热巴大师得受显密诸要。
18岁时，闻宗喀巴大师盛名，特前往拜谒，宗喀巴即为之授大威德灌顶，讲说经、律、论三藏。克珠杰钦佩其佛学知识渊博超过世人，遂从宗喀巴大师学法。大师对他也很喜爱，曾赞曰：“小沙弥已得般若，在四方法侣中，喜得大器。”克珠杰在1407年，正式拜宗喀巴大师为师，改宗格鲁教派(后来不仅成为宗喀巴八大弟子之一，而且位仅次于贾曹杰，成为宗喀巴大师第二大助手)。他回到后藏任江热寺堪布，主持创建日沃当金寺。1418年，受江孜上千户(藏文称之为大司徒)热丹衮桑帕之邀请，前往江孜与之共建白居寺。白居寺是汉语称谓，藏语全称为“吉祥轮上乐金刚鲁希巴坛城仪轨大乐香水海寺”，简称“班廓德庆”，意为“吉祥轮大乐寺”。
1419年，宗喀巴大师圆寂。克珠杰为弘扬大师创立的格鲁派教法，不遗余力，做了大量的事情。他经常徒步奔走于卫藏各地，向众僧宣讲大师的《菩提道次第广论》、《密宗道次第广论》，并与逆教徒辩论，为格鲁派赢得了声誉。
宣德六年(1431年)，克珠杰47岁时，被迎入甘丹寺，接贾曹杰之后为第三任甘丹赤巴，继承法位凡8年，亲转法轮，与一世达赖喇嘛根敦珠巴共承宗喀巴大师遗愿，改革宗风，“阐明黄教清净慈悲之旨，调伏外教左道，备受辛劳”。
克珠杰除讲经习法外，著有历法书《无垢光释大疏》、《因明七论除暗庄严注》。为了给宗喀巴大师树碑立传，他还著有《宗喀巴大师传》。在宗教美术方面他也有一定的造诣，据传哲蚌寺“布却珠”殿堂的佛像、“措钦”大殿内的宗喀巴唐卡像，色拉寺“额巴”殿堂的苍巴佛像、“曲登”殿堂的壁画等等，均出自于克珠杰的手笔。他还亲自塑造了不少佛像。克珠杰的壁画代表作当推甘丹寺“扬巴坚”经院大墙上的讲经图，所绘人物近百个，造型严谨，用笔简洁，线描挺拔，着色雅致。
自1407年克珠杰师事宗喀巴大师以后，跟随宗喀巴大师12年，在阐述格鲁派教义、制定格鲁派的各种法规和学习程序、建立寺院的管理制度等方面，做了大量的工作。由于贾曹杰和克珠杰作为宗喀巴大师的第一、第二两大助手，对于创立格鲁派起了奠定基础的作用，因此藏族宗教界把宗喀巴、贾曹杰和克珠杰三人合称为“师徒三尊”、“父子三尊”，在寺院中有他们的塑像。
公元1438年，克珠杰圆寂于甘丹赤巴任内。在其之后黄教寺院集团形成，建立班禅活佛转世系统时，他被格鲁派上层僧侣追认为一世班禅额尔德尼。
