国家重点文物保护单位——美岱召考古新近取得重大发现，推翻了过去的一些“结论”。

2003年，国家文物局批准、全国立项20个基础性调查研究课题。在内蒙古自治区仅有《藏传佛教寺院美岱召、五当召的调查与研究》一个项目入选。包头市文物考古界人士——56岁的王磊义、75岁的姚桂轩、60岁的郭建中担纲这项工作。其中姚桂轩于1985年曾经任美岱召第二期维修办公室主任。5年来，3人搭起手脚架，爬在美岱召各处壁画的高处拍照，发现了过去人们看不到、看不清、“画在高处人未识”的许多壁画，得出许多新结论，推翻了一些几百年来形成的观点。

“美岱召一直是藏传黄教格鲁派的寺庙”，是许久以来的观点。3人在考古中发现，在美岱召琉璃殿早期壁画中，藏传佛教5派祖师竟然同绘于一室内。大雄宝殿天顶木版画所绘内容，始终未被人们所认识。早期作品绘制有葛玛葛举红帽派人物、格鲁派人物和印度84位大成就者。还有一些壁画被覆盖、重画了；重画部分和另一些壁画，显然不是格鲁派画师的作品。根据史书记载印证，在早期还有葛玛葛举派或者萨迦派僧人在美岱召做过短期传教。而当时，明朝对藏传佛教各派都予以支持，但是主导派是葛玛葛举派。结论是：自从阿拉坦汗的“大明金国”与明朝和解、实现和平之后，全面接受了明朝倡导的各个藏传佛教教派。

“美岱召是明代建筑”，是普遍认识。3人经过调查，发现人们认为是一体的大雄宝殿佛堂和经堂，实际上是两个时期的建筑。先建筑的佛堂，后建筑的经堂。两者用砖规格不一，两所建筑之间且不是错缝建筑。佛堂绘画人物是明代服饰；而经堂人物是清代服饰。结论是：佛堂和经堂建筑相差100年。唯一一致的是：后建筑的经堂采用了佛堂建筑外部风格，使两者融为一体。实际上，美岱召的建筑是明清时期不断建筑完成的。

美岱召和呼和浩特市大召哪个建设在前，一直是历史学家争论不休的问题。3人认为，以万历6年，阿拉坦汗和达赖三世在青海仰华寺举行10万人法会为界，美岱召建筑于此前，“隆庆6年建寺大青山”，是指的美岱召；比大召寺建设早7年。美岱召也是内蒙古地区第一所藏传寺庙。

《藏传佛教寺院美岱召、五当召的调查与研究》一书已经由中国藏学出版社出版。