1613年,辛厦巴的后继者彭措南嘉控制了阿里地区,同时兼并了四周的弱小部落。在宗教信仰上,彭措南嘉崇信藏传佛教噶玛噶举派,但却仇视新兴的格鲁派。1618年之后,彭措南嘉自称为后藏上部之王,正式建立政权,史称藏巴汗。1621年,噶玛丹迥旺波继任藏巴汗。

四世班禅

       1634年,四世班禅与五世达赖邀请蒙古和硕特部汗王图鲁拜唬(即后来的顾实汗)入藏。公元1641年,顾实汗率领大军经达木到达后藏。在此前后,协敖索南拉布提曾奉劝五世达赖喇嘛说:“为了圣教,您应该准备斗争,俗语说:‘如对疮口有效则不嫌弃狗的脂肪!’应该让宁玛派他们去干吧!”于是,五世达赖喇嘛命令按宁玛派的仪轨,进行了投掷、护摩、镇压的诛法。这时,哲蚌寺大威德的口中整整滴了一天血;法王圣像准备飞出,不得不奉上铁索予以缚住;德瓦圣像口中亦流出鲜血;甘丹法王圣像多次发出吼声,众人都能清晰地听到。

       在后藏,僧俗大众之后,狂风大作,飞沙走石,许多人曾看见有一长发垂至脚根的女人背着许多人的尸体,骑着骡子行走。人们说:“第斯的魂魄已被勾去。”哲蚌寺的下面,人们听见像女人声音一样的威猛吼声。藏巴汗的时运已衰时,许多无可回转的征兆一一出现。

五世达赖

       同时,顾实汗发兵攻打藏巴汗,包围了日喀则的藏巴汗府邸。第斯藏巴汗为了镇压色拉寺和哲蚌寺而筑的东噶尔宗虽然非常坚固,但是勇猛非凡的军队一鼓而上,立即攻克宗城及其城郊各据点,德钦及内邬宗中藏巴汗的地方官员们献贽投降。1642年,藏巴汗兵败被俘,不久遇害。顾实汗继续西进,降服了后藏地区,并亲自驻守日喀则,命其长子达延鄂齐尔汗驻守拉萨,分兵控制西藏各地。在顾实汗的帮助下,公元1642年3月初,持教法王五世达赖把西藏的所有人户都纳入其统治之下。所以历史上称五世达赖喇嘛为“伟大的五世”。